ヒト乳がんにおける腫瘍内のがん細胞のheterogeneityを、エピゲノムの観点から（scATAC-seqを用いて）解析しようと試みた研究です。Luminal乳がんの患者さんで、免疫染色ではER陽性（Allred score8点）であるけれどもオープンクロマチン領域のERのmotif enrichmentが低下している細胞が混在している症例があり、このような細胞集団はERへの依存性が低下しており、将来内分泌療法に抵抗性となりうる細胞なのではないかと想像しています。まだまだ観察・推測の域を出ていませんが、研究室として目指している方向に向けての第一歩を踏み出せたと考えています。
東京大学医科学研究所の山田先生との共同研究です。がん細胞においては、oncogeneシグナルが効いていると、山中４因子によるリプログラミングが障害されるという現象と、それを逆に利用してがん細胞が依存しているシグナルを同定するという、大変興味深いコンセプトのお仕事です。
中太研究員による海外研究機関との共同研究です。
札幌医科大学分子生物学講座の鈴木先生らとの共同研究です。丸山が札幌医科大学に在籍中に着目していたlncRNA DLEU1に関する研究の続報です。DLEU1は多数のバリアントが存在し、大変興味深いlncRNAです。
各種がんで高発現が認められるサテライトII RNA(非コードRNA)の病的意義を追求した仕事です。老化した細胞でもサテライトRNAの発現が亢進しており、それがCTCFに結合しその機能の一部を阻害することを見出しました。CTCFはゲノム構造の維持に必要な非常に重要な遺伝子の一つですが、それとサテライトRNAが相互作用しうるということは大変興味深い知見です。細胞老化プロジェクトの宮田さん、高橋先生らとの共同研究で、主にATAC-seqなどのNGS解析の一部をお手伝いさせて頂きました。
遺伝子セットではなく領域セットの特徴を抽出するためのアルゴリズムです。各種エピゲノム解析が行われるようになり、ゲノム調節領域(cis-regulatory element)にアノテーションを付与する作業は、今後ますます重要になると思われます。CPMセンター森先生との共同研究です。
札幌医科大学分子生物学講座の鈴木先生らとの共同研究です。
in-situで増幅と蛋白発現を同時に可視化できるGPA法という手法を用いて、乳がん組織におけるHER2増幅＋発現の腫瘍内不均一性と臨床情報との関連を解析した貴重な研究です。HER2増幅と蛋白発現に乖離の認められる症例もあり、大変興味深いです。腫瘍内不均一性（intra-tumor heterogeneity）を理解することの重要性を示唆しています。埼玉県立がんセンター（前がん研有明病院病理部）堀井先生らとの共同研究です。
ヒストン修飾酵素であるEZH2とG9aを阻害剤を用いて同時に抑制することにより、多発性骨髄腫に対して抗腫瘍効果をもたらします。大変興味深いことに、これらの阻害は内在性レトロウイルス（ERV）を活性化させインターフェロンシグナルを誘導します。エピゲノム創薬の可能性を感じます。札幌医科大学分子生物学講座の鈴木先生、石黒先生らとの共同研究です。
東京大学消化器内科大塚先生らとの共同研究です。
東京大学消化器内科大塚先生らとの共同研究です。
実験病理部の野澤さんとがん生物部の斎藤先生が中心となり、最近注目の液－液相分離について、がんの視点からまとめてくださった総説です。染色体やクロマチンなど、がん研究所の基礎部門は層が厚いです。
大腸がん検体のRNA-seqデータから血管内皮細胞におけるAEBP1の発現増加を見出し、その機能的役割について解析した仕事です。丸山が札幌医大在籍中に「ゲノム支援」のお力を借りて実施したRNA-seqのデータを、萬先生や山本先生らが見事にまとめてくれました。ありがとうございました。札幌医科大学分子生物学講座の鈴木先生らとの共同研究です。
がん生物部斎藤先生らとの共同研究です。
Ohka F, Shinjo K, Deguchi S, Matsui Y, Okuno Y, Katsushima K, Suzuki M, Kato A, Ogiso N, Yamamichi A, Aoki K, Suzuki H, Sato S, Rayan NA, Prabhakar S, Göke J, Shimamura T, Maruyama R, Takahashi S, Suzumura A, Kimura H, Wakabayashi T, Zong H, Natsume A, Kondo Y. Pathogenic Epigenetic Consequences of Genetic Alterations in IDH-wild-type Diffuse Astrocytic Gliomas. Cancer Res. 2019; 79:4814-4827.
Niinuma T, Kitajima H, Kai M, Yamamoto E, Yorozu A, Ishiguro K, Sasaki H, Sudo G, Toyota M, Hatahira T, Maruyama R, Tokino T, Nakase H, Sugai T, Suzuki H. UHRF1 depletion and HDAC inhibition reactivate epigenetically silenced genes in colorectal cancer cells. Clin Epigenetics. 2019;11:70.
Johmura Y, Maeda I, Suzuki N, Wu W, Goda A, Morita M, Yamaguchi K, Yamamoto M, Nagasawa S, Kojima Y, Tsugawa K, Inoue N, Miyoshi Y, Osako T, Akiyama F, Maruyama R, Inoue J, Furukawa Y, Ohta T, Nakanishi M. Fbxo22-mediated KDM4B degradation determines selective estrogen receptor modulator activity in breast cancer. J Clin Invest. 2018;128:5603-5619.
Wu W, Rokutanda N, Takeuchi J, Lai Y, Maruyama R, Togashi Y, Nishikawa H, Arai N, Miyoshi Y, Suzuki N, Saeki Y, Tanaka K, Ohta T. HERC2 promotes BLM and WRN to suppress G-quadruplex DNA. Cancer Res. 2018;78:6371-6385.
Ishiguro K, Kitajima H, Niinuma T, Ishida T, Maruyama R, Ikeda H, Hayashi T, Sasaki H, Wakasugi H, Nishiyama K, Shindo T, Yamamoto E, Kai M, Sasaki Y, Tokino T, Nakase H, Suzuki H. DOT1L inhibition blocks multiple myeloma cell proliferation by suppressing IRF4-MYC signaling. Haematologica. 2018;191262.
Nishiyama K, Maruyama R, Niinuma T, Kai M, Kitajima H, Toyota M, Hatanaka Y, Igarashi T, Kobayashi JI, Ogi K, Dehari H, Miyazaki A, Yorozu A, Yamamoto E, Idogawa M, Sasaki Y, Sugai T, Tokino T, Hiratsuka H, Suzuki H. Screening for long noncoding RNAs associated with oral squamous cell carcinoma reveals the potentially oncogenic actions of DLEU1. Cell Death Dis. 2018;9:826.
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